维吾尔族人民在长期的生活实践中，为了预防和治疗疾病，不断积累经验，形成了有自己独特的理论体系和丰富实践的民族传统医药学，在东突厥斯坦被人们称为维吾尔医（简称“维医”）。在古代，维吾尔族人民已懂得如何利用植物或天然的资源来治疗和处理简单的病痛。如用蒜汁和香草涂抹肢体用以预防害虫。早期的维医还用萨满巫术来治疗某些疾病。从出土文献来看，在高昌回鹘时代，维吾尔族的医学受中原汉地医学及印度、中亚及近东医学的影响，形成了具有自己特点的医学理论和医术实践。德国吐鲁番考古队曾于1905一1907年 间从高昌汗国遗址中发掘出两种回鹘文医学文献。其中一个文献中涉及的临床各种疾病、症状共41种。治疗疾病的各种动物药、植药、矿物药及加工药共92种。

维医学在诊断方法上有望诊、问诊、触诊、叩诊、听诊和闻诊等一般检查方法和大小便、痰、脓液、腹水等特殊检查方法。维医的切脉用四指,其对病态脉的归纳也与中医学不同,维医通过切脉了解患者在病态期的气质、体液和力等的各种状态,以及心血管疾病等情况,以判断病情轻重和预后。维医学把常见疾病症状归纳为23种,对每一症状都制定了详细的诊断和鉴别标准。维医学的诊断原则就是以维医基础理论和常见症状学为指导,通过各种检查方法获得各种特异症状和体征,再进行综合分析,得出诊断结果。

维医学对于病因、疾病症状和体征、疾病种类、疾病的发展过程等方面有独特的认识,尤其是对有关疾病危象的认识非常丰富。维医学认为病因分为内外两种,内因分昔日因、起病因;外因包括气候、环境、饮食、个人卫生、不正常男女关系等。症状和体征有全身性、局部性、体外、潜伏、特殊、并发、先兆、鉴别性证候等。在疾病分类上分为单纯型和复杂型疾病,单纯型为只患一种疾病,又分为气质失调性、结构变形、结构完整形破坏性疾病;复杂型指患两种或两种以上疾病。在病程的发展上一般分为发病期、发展期、危象期和恢复期4个阶段。对危象期又可分为良性和恶性。　　

维医学的治疗方法主要有饮食疗法、护理疗法、药物疗法,手艺疗法等。手艺疗法分为全身性排泄和局部性排泄两类,是维医学中最独特的疗法。维药也分为热、寒、干、湿四类,每类又分较弱、弱、强、较强4个等级,同一种药常有混合属性,如干热、湿寒、湿热、干寒。治疗原则就是根据气质属性、病情轻重等选用相应的药物。